Белковый петафлопс

На ноябрьской конференции SuperComputing 2003 группа японских разработчиков собирается представить свой проект нового супервычислителя Protein Explorer ("Белковый исследователь") с расчетной производительностью 1 петафлопс.

На ноябрьской конференции SuperComputing 2003, которая пройдет в американском городе Феникс, группа японских разработчиков собирается представить свой проект нового супервычислителя Protein Explorer («Белковый исследователь») с расчетной производительностью 1 петафлопс, то есть квадриллион (1015) операций с плавающей точкой в секунду. Этот узкоспециализированный суперкомпьютер будет создан в Научном центре геномики при Институте химических исследований (RIKEN), г. Иокогама, и, как следует из названия, предназначен для задач моделирования структур больших биомолекул и предсказания мутаций белков.

Благодаря настырности одного любопытного журналиста британского онлайнового издания Inquirer, японские исследователи согласились, не дожидаясь конференции, раскрыть некоторые детали конструкции своего супервычислителя. Кстати, они намерены сделать его «первым петафлопным компьютером», то есть ввести в строй до 2006 года, когда запланировано окончание проекта IBM Blue Gene (также заточенного под моделирование структур белков).

В основу японской разработки положен заказной микропроцессор MDGRAPE-3 с двадцатью конвейерами, использующими общую память. Чипы MDGRAPE — это новое поколение знаменитых в 1990-е годы процессоров GRAPE, созданных в Токийском университете специально для моделирования задач молекулярной динамики. Пиковая производительность одного чипа MDGRAPE-3 составляет 200 гигафлопс. Система Protein Explorer будет представлять собой кластер из 128 узлов-ПК, в каждом из которых станет работать спецвычислитель производительностью 8 терафлопс — это сорок чипов MDGRAPE-3, сверхплотно упакованных на одной плате расширения PCI-X. Таким образом, в целом «Белковый исследователь» будет состоять из 5120 спецпроцессоров с суммарной пиковой производительностью 1 петафлопс. Подробности станут известны в ближайшее время на конференции SuperComputing 2003 и на сайте www.peta.co.jp.