Архивы: по дате | по разделам | по авторам

Биокомпьютеры - капля за каплей

Архив
автор : Игорь Гордиенко   04.07.2000

Современные кремниевые микропроцессоры изготовляются с соблюдением строжайших технологических норм. Воздух в производственные помещения подается через системы тончайших фильтров и мощнейших кондиционеров, а персонал должен надевать комбинезоны, сравнимые по степени герметизации со скафандрами космонавтов.

Но есть альтернативные технологии: несколько исследовательских центров в США ведут работы над разного рода биосистемами обработки информации, для которых критичными являются совершенно иные факторы. Компьютеры из бактерий принципиально смогут исполнять все функции современных процессоров. Мало того, новые системы обещают и неведомые ныне возможности.


Главным свойством биокомпьютеров является то, что каждая их клетка - миниатюрная химическая лаборатория. Если биоорганизм запрограммирован, то он просто производит нужные вещества. Достаточно вырастить одну клетку, обладающую заданными качествами, и в руках - целый мир волшебных химических превращений. К тому же биокомпьютеры могут оказаться гораздо более надежными - по сравнению с кремниевыми.

Недавно появились серьезные основания полагать, что биокомпьютеры - уже предмет не только академического любопытства. Они стали новым прикладным направлением, находящемся на пересечении традиционных дисциплин - биологии и науки о компьютерах. Результаты таких междисциплинарных изысканий вообще трудно привязывать к наукам-прародителям.

В случае с технологиями биокомпьютеров можно сказать так: то, что делает традиционная биология, является, выражаясь термином, взятым из технологий, "реверсивным инжинирингом", то есть попыткой разобраться в устройстве систем, возникших эволюционным путем. В исследованиях, связанных с биокомпьютерами, не предполагается делать ничего подобного: ученые пытаются найти способ сразу создавать системы с заданными свойствами. Вместо того чтобы склеивать отдельные белковые молекулы или расшифровывать генные коды, клетки будут программироваться на уровне генов для выполнения требуемых функций.

В то же время, несмотря на такое принципиальное отличие задач биокомпьютерных исследований от, скажем, задач клеточной и молекулярной биологии, инструменты и там и тут по большей части одни и те же. И работа в условиях "мокрой" биолаборатории поначалу создает немало проблем для специалистов из "твердых" наук.

Тридцать лет профессор Том Найт (Tom Knight) проработал в Лаборатории искусственного интеллекта при Массачусетском технологическом институте, а три года назад взял и основал Лабораторию биокомпьютеров - при том же учебном заведении.

На первых порах дела в лаборатории шли наперекосяк: описанные в учебниках и научных трудах биопроцессы протекать ни в какую не хотели. После пяти месяцев безуспешных попыток начать исследования Найт пригласил биолога из Калифорнийского университета Беркли, чтобы тот выяснил, что же делается не так. Новый сотрудник пересек континент, захватив с собой набор собственных реагентов, биологические образцы и даже собственную воду! Что же оказалось? Именно вода, использованная в лаборатории Найта, оказалась одной из главных причин того, что процессы переплетения молекулярных цепочек в протеинах протекали аномально!

И все-таки трудности преодолеваются. Профессор Джеймс Коллинз (James Collins), учредитель Центра прикладной биодинамики при Бостонском университете, и его бывший аспирант Тим Гарднер (Tim Gardner), прежде чем обратиться к колбам и пробиркам, построили математическую модель генного вентиля - "включено-выключено". Вентиль, поясняет Коллинз, построен из двух генов-"антагонистов": если один в "активном" состоянии, другой - в "пассивном", и наоборот. Такие генные системы существуют в клетках естественным образом. Идея заключается в том, чтобы управлять переброской состояний с помощью внешних воздействий, - например, изменяя химию среды или температуру.

В совместных трудах Коллинз и Гарднер описывают пять типов подобных генных вентилей, которые им удалось встроить в бактерии E.coli (кишечная палочка). Гарднер назвал этот результат первым шагом на пути к созданию "генных апплетов" (genetic applets - по аналогии с Java applets).

А исследователь из Университета Рокфеллера Майкл Еловиц (Michael Elowitz) сконструировал собственный тип генных апплетов - частотный генератор. Фундаментальная роль частотных генераторов в компьютерных технологиях не требует разъяснений. Но если в современных кремниевых процессорах часы работают на частотах, близких к гигагерцам, то биогенератор Еловица совершает одно колебание примерно в 150 минут.

Хотя творение Еловица - на грани мыслимого, генные часы не слишком точны: период их колебаний варьируется от 100 до 200 минут. Теперь предстоит выяснить, откуда берутся столь сильные шумы, влияющие на систему генов, и как они компенсируются в естественных биологических системах...

В апреле этого года Коллинз и Гарднер учредили первую компанию, которая будет промышленно заниматься биокомпьютерами. Называется она Cellicon Biotechnologies, находится в Сан-Диего, штат Калифорния. В списке первоочередных устройств, которые намерена выпустить Cellicon, - детектор содержания в пищевых продуктах токсинов, использующихся в химическом и биологическом оружии. Коллинз предвещает, что уже лет через пять в "ранце" каждого солдата США будет иметься такой прибор.

Другой, более отдаленной задачей Коллинз называет разработку генной терапии, технологии, которая позволит размещать в организме человека сети генных апплетов, излечивающих такие болезни, как, скажем, гемофилия или анемия.

Оценки биокомпьютерных исследований даются самые разные. К примеру, Роджер Брент (Roger Brent), директор неприбыльной корпорации - Института молекулярных исследований (Molecular Science Institute) из Беркли (штат Калифорния), консультант по биотехнологиям знаменитого правительственного агентства DARPA, считает, что вентили на основе двух генов - далеко не новинка: генетики обнаружили и начали широко использовать подобные двоичные системы еще в 70-х годах.

По мнению Брента, куда более важным является исследование клеточных систем с множеством состояний. Более того, переходы между этими состояниями обеспечиваются управляющими воздействиями разной природы. Вот пример: пусть клетка обладает шестнадцатью различными состояниями и, кроме того, она взаимодействует с множеством таких же соседних клеток. Конечно, клетка с шестнадцатью состояниями сама по себе мало на что пригодна, но, связанная с миллиардами сородичей, она способна образовать память немыслимого объема. Фигурально говоря, чайная ложка раствора с такими бактериями могла бы обладать памятью всех нынешних компьютеров. Брент задает вопрос: как программировать подобные биосистемы?

Ответить на него пытаются участники проекта "Аморфный компьютинг" (Amorphous Computing), который ведется в лаборатории профессора Найта. Главная цель проекта - разработка технологии самоорганизующихся биологических систем. Прежде всего придется понять условия, благодаря которым клетки узнают своих соседей, какого рода связи между ними устанавливаются и как этими связями управлять. А дальше все просто?..



© ООО "Компьютерра-Онлайн", 1997-2024
При цитировании и использовании любых материалов ссылка на "Компьютерру" обязательна.